Olá pessoal!
Depois de muito tentar consegui arrumar o problema a partir da dica que o Vinicius mencionou, e com a solução que o Gkraynov desenvolveu.
Após procura na internet encontrei o site com o UPDATE mencionado.
Está em github.com/gkraynov/nexus-4-navfix/releases , porém o site do Androidpit não deixa postar link.
Nesse link tem o arquivo para correção das seguintes versões do Android:
LMY47O (Android 5.1)
LRX22C (Android 5.0.1)
LRX21T (Android 5.0)
Você deve baixar o arquivo UPDATE.ZIP conforme sua versão do android no seu Nexus 4.
Após isso eu utilizei o Nexus Root Toolkit v2.0.5 para instalar o update.
Atravéz do Nexus Root Toolkit eu instalei a versão 5.1 do Android pois o meu era uma anterior, e em seguida fiz o desbloqueio do root.
(O root deve estar desbloqueado para aplicar a solução)
(Só atualizando a versão do Android não arruma o problema dos botões)
(Lembre-se, atualizando a versão do Android, todo o aparelho é limpo, deixando ele como de fabrica novamente)
Após tudo estar atualizado e o root desbloqueado, fui no Nexus Root Toolkit e cliquei no botão Advanced Utilities.
Escolhi a opção Flash Zip com a opção File is on this computer marcada.
Selecionei o arquivo do Update.zip baixado no site do GitHub (do primeiro link) e segui as instruções do programa Nexus Root Toolkit
Após isso os botões voltaram a funcionar normalmente.
Pelo que eu entendi nas informações do desenvolvedor da solução, existe uma função chamada deadzone que o android utiliza para separar o teclado ou os programas da barra dos botões, para que quando você toca acidentalmente nos botões ele não crie uma experiencia chata de ficar saindo do programa ou teclado a toda hora, e pelo que eu entendi, essa deadzone fica travada, desabilitando os botões, assim a solução dele foi rever esse código da deadzone e ajusta-la.
Espero que ajude a quem estiver com esse mesmo problema.
Conteúdo editorial recomendado
Com o seu consentimento, o conteúdo externo é carregado aqui.
Ao clicar no botão acima, concorda que o conteúdo externo poderá ser-lhe exibido. Os dados pessoais podem ser transmitidos a fornecedores terceiros no processo. Pode encontrar mais informações sobre isto no nosso Política de Privacidade.