Mano, não sei se já resolveu seu problema mas pelo que vi é mesma coisa que acontece comigo as vezes, tenho um Moto G 2013, depois de colocar o 2º usuário, e deletar ele depois, isso acontece, o usuário principal mesmo salvando as imagens somente fica visível fotos da câmera e screenshots, todas as imagens e videos de outras pastas somem, não aparecem, mas não são excluídas, é como se não atualizasse as novas imagens...
Resolvi meu problema com esses passos:
1 - Configurar > Armazenamento > Dados em cache (pressione e exclua clicando em OK).
2 - Configurar > Aplicativos > Galeria. Clique em LIMPAR DADOS e em LIMPAR CACHE.
Por que do limpar cache novamente no app Galeria se já foi apagado no Armazenamento?
Fiz as duas coisas para ter certeza, e não fui ver qual que fez voltar, mas se fizer as duas é sucesso e não precisa formatar nem nada, consegui isso após ter formatado várias vezes quando isso acontecia comigo...
Espero ter ajudado, e que a Google ou Motorola corrijam isso pois parece comum e ninguém tem uma solução de imediato...
Abs.
— alterado em 26/07/2015, 06:49:16